免疫系统具备高度复杂的动态调控能力，广泛参与抗感染、肿瘤识别、自身免疫、组织修复等过程。研究发现，免疫细胞在发育阶段、微环境影响或刺激条件下常表现出显著的功能异质性。近年来，单细胞技术的快速发展极大推动了免疫研究的分辨率。蛋白质作为功能执行分子，是真正反映细胞生物学状态的关键指标。单细胞蛋白质组学（Single-cell Proteomics, SCP）因其直接测量蛋白表达、定位与修饰的能力，成为免疫研究中不可或缺的新兴策略。

单细胞蛋白质组：解析免疫功能状态的核心手段

在免疫学研究中，蛋白质层面信息具有以下不可替代的价值：

• 反映细胞活化、迁移、极化等状态的直接分子特征；
• 揭示关键受体、细胞因子及信号转导蛋白的表达变化；
• 捕捉翻译后修饰（如磷酸化、泛素化）等动态调控事件；
• 衔接转录与功能之间的“失配”区域，提高机制解释力。

基于质谱的单细胞蛋白组具备很高的靶标覆盖范围和定量一致性，尤其适用于复杂、未知、动态变化的免疫系统研究。

分析策略一：精准样本制备与单细胞处理

单细胞蛋白质组的起点是高质量的单细胞分离与裂解。在免疫学研究中，细胞常来源于组织、外周血或体液，涉及多种细胞亚型。通过流式分选、微流控芯片或自动移液平台，研究者可精确获得目标单个免疫细胞。

由于蛋白量极低，样本处理需特别关注以下策略：

• 使用低吸附材料和微量裂解系统，减少样本损失；
• 在严格温控和时间控制下进行细胞裂解与变性；
• 全流程保持闭环操作，防止蛋白降解与非特异吸附。

高保真度的前处理流程，是保证后续定量准确性的基础。

分析策略二：多重标签标记提升定量通量

当前主流的单细胞蛋白组定量方法多采用TMT（Tandem Mass Tag）标记策略。这一策略允许多个单细胞样本在一个质谱运行中共混分析，通过同位素编码的报告离子实现定量。

关键策略包括：

• 为每个单细胞样本赋予唯一标签，保持样本独立性；
• 引入“载体通道”增强信号，实现低丰度蛋白检测；
• 优化标签比例和反应条件，确保标记效率与定量准确。

TMT策略在维持单细胞分辨率的同时显著提升了通量，尤其适合用于研究多个免疫状态、处理条件或细胞亚群之间的差异。

分析策略三：高灵敏质谱采集保障检测深度

质谱平台的性能决定了可检出蛋白的数量与质量。针对单细胞蛋白组的低起始量特点，推荐采用高分辨、高灵敏仪器平台（如Orbitrap或timsTOF系列），并辅以优化的采集模式：

• 选择合适的扫描模式（DDA、DIA或MS3）平衡覆盖率与定量精度；
• 调整离子积累时间与碎裂能量，增强低丰度信号捕捉；
• 设定合理的动态排除与质量窗口，避免重复采集干扰。

通过上述策略，可在单细胞水平实现数百至上千种蛋白的识别与定量，为免疫系统中的微弱表达变化提供数据支持。

分析策略四：多层次数据处理与功能解析

获取蛋白表达谱只是第一步，真正揭示免疫机制还需深入的数据解析。免疫相关的单细胞蛋白组数据往往具备如下特点：数据稀疏、样本间变异性强、信号动态跨度大。因此，数据分析策略需具备高度适应性。

建议包括：

• 采用批次归一化与缺失值填补策略，提高跨样本比较能力；
• 运用聚类分析、降维方法识别细胞亚型和状态谱系；
• 结合通路富集分析揭示激活信号轴与调控网络；
• 在必要时整合转录组、多模态标记或空间信息，形成立体解读。

合理的分析流程不仅提升数据价值，更有助于构建免疫细胞的功能图谱与动态轨迹。

单细胞蛋白质组学为免疫学研究提供了全新的研究维度，在捕捉功能状态、解析细胞异质性和识别关键调控通路方面展现出巨大潜力。它正在从技术验证阶段逐步走向系统应用，为揭示免疫系统运行机制与干预策略带来深刻变革。百泰派克生物科技持续关注单细胞蛋白组技术在免疫研究中的前沿应用，提供标准化实验平台与定制化数据分析支持，助力科研人员深入探索免疫调控的本质。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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